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公告内容

- 1 -入 札 公 告次 の と お り 一 般 競 争 入 札 に 付 し ま す 。

令 和 ３ 年 １ １ 月 ２ ９ 日国 立 研 究 開 発 法 人 水 産 研 究 ・ 教 育 機 構水 産 技 術 研 究 所 管 理 部 門 長 神 山 孝 史１ ． 調 達 内 容( １ ) 調 達 件 名 及 び 数 量 マ ダ イ 肝 臓 の 発 現 遺 伝 子 解 析 業 務 一 式( ２ ) 調 達 仕 様 入 札 説 明 書 に よ る 。

( ３ ) 履 行 期 限 令 和 ４ 年 ３ 月 １ １ 日( ４ ) 納 入 場 所 長 崎 県 長 崎 市 多 以 良 町 １ ５ ５ １ － ８国 立 研 究 開 発 法 人 水 産 研 究 ・ 教 育 機 構 水 産 技 術 研 究 所( ５ ) 入 札 方 法 落 札 決 定 に 当 た っ て は 、 入 札 書 に 記 載 さ れ た 金 額 に 当 該 金額 の １ ０ ０ 分 の １ ０ に 相 当 す る 額 を 加 算 し た 金 額 ( 当 該 金 額に １ 円 未 満 の 端 数 が あ る と き は 、 そ の 端 数 金 額 を 切 り 捨 て た金 額 ) を も っ て 落 札 価 格 と す る の で 、 入 札 者 は 、 消 費 税 及 び地 方 消 費 税 に 係 る 課 税 事 業 者 で あ る か 免 税 事 業 者 で あ る か を問 わ ず 、 見 積 も っ た 契 約 希 望 金 額 の １ １ ０ 分 の １ ０ ０ に 相 当す る 金 額 を 入 札 書 に 記 載 す る こ と 。

２ ． 競 争 参 加 資 格( １ ) 国 立 研 究 開 発 法 人 水 産 研 究 ・ 教 育 機 構 契 約 事 務 取 扱 規 程 ( 平 成 １ ３ 年 ４ 月 １ 日 付 け １ ３水 研 第 ６ ５ 号 ) 第 １ ２ 条 第 １ 項 及 び 第 １ ３ 条 の 規 定 に 該 当 し な い 者 で あ る こ と 。

( ２ ) 平 成 ３ １ ・ ３ ２ ・ ３ ３ 年 度 国 立 研 究 開 発 法 人 水 産 研 究 ・ 教 育 機 構 競 争 参 加 資 格 又 は 全 省庁 統 一 資 格 の ｢ 役 務 の 提 供 等 契 約 ｣ の 業 種 ｢ 調 査 ・ 研 究 ｣ で 「 Ａ 」 、 「 Ｂ 」 、 「 Ｃ 」 又 は「 Ｄ 」 い ず れ か の 等 級 に 格 付 け さ れ て い る 者 で あ る こ と 。

( ３ ) 国 立 研 究 開 発 法 人 水 産 研 究 ・ 教 育 機 構 理 事 長 か ら 物 品 の 製 造 契 約 、 物 品 の 販 売 契 約 及 び役 務 等 契 約 指 名 停 止 措 置 要 領 に 基 づ く 指 名 停 止 を 受 け て い る 期 間 中 で な い こ と 。

た だ し 、 全 省 庁 統 一 資 格 に 格 付 け さ れ て い る 者 で あ る 場 合 は 、 国 の 機 関 の 同 様 の 指 名 停止 措 置 要 領 に 基 づ く 指 名 停 止 を 受 け て い る 期 間 中 で な い こ と 。

( ４ ) 暴 力 団 員 に よ る 不 当 な 行 為 の 防 止 等 に 関 す る 法 律 ( 平 成 ３ 年 法 律 第 ７ ７ 号 ) 第 ３ ２ 条 第１ 項 各 号 に 掲 げ る 者 で な い こ と 。

３ ． 入 札 説 明 書 等 の 交 付 方 法 競 争 参 加 希 望 者 は 、 以 下 に よ り 入 札 説 明 書 等 ( 入 札 説 明書 、 入 札 心 得 書 、 契 約 書 案 、 入 札 書 様 式 、 委 任 状 様 式 等 )の 交 付 を 受 け る こ と 。

① 直 接 交 付長 崎 県 長 崎 市 多 以 良 町 １ ５ ５ １ － ８国 立 研 究 開 発 法 人 水 産 研 究 ・ 教 育 機 構水 産 技 術 研 究 所 管 理 部 門 管 理 課電 話 ０ ９ ５ － ８ ６ ０ － １ ６ ０ ８Ｆ Ａ Ｘ ０ ９ ５ － ８ ５ ０ － ７ ７ ６ ７② 郵 送 に よ る 交 付封 書 に 「 【 マ ダ イ 肝 臓 の 発 現 遺 伝 子 解 析 業 務 】 入 札 説明 書 希 望 」 と 記 入 し 、 返 信 用 封 筒 ( 角 ２ ) に ２ ５ ０ 円切 手 を 貼 付 し 、 上 記 ① あ て 郵 送 の こ と 。

③ メ ー ル に よ る 交 付任 意 書 式 に 「 【 マ ダ イ 肝 臓 の 発 現 遺 伝 子 解 析 業 務 】 入札 説 明 書 メ ー ル に て 希 望 」 と 記 入 し 、 社 名 、 担 当 者 名 、メ ー ル ア ド レ ス 、 電 話 番 号 を 記 載 の う え 、 上 記 ① あ てＦ Ａ Ｘ 送 信 す る こ と 。

４ ． 入 札 説 明 会 の 日 時 及 び 場 所 等 仕 様 書 等 に 関 し 質 疑 が あ る 場 合 に は 、 令 和 ３ 年 １ ２ 月 ３日 ま で に 上 記 ３ ． あ て に メ ー ル ( ア ド レ ス は 入 札 説 明 書 に記 載 ) 又 は フ ァ ッ ク ス に て 質 疑 を 行 う こ と 。当 日 ま で の 質疑 を 取 り ま と め 、 回 答 は 入 札 説 明 書 受 領 者 全 員 に 対 し て 行う と と も に 当 機 構 の ホ ー ム ペ ー ジ に て 公 表 す る こ と に よ り入 札 説 明 会 に 代 え る 。

- 2 -な お 、 当 該 日 以 降 に 質 疑 が 発 生 し た 場 合 も 随 時 受 け 付 け 、同 様 に 対 応 す る 。

た だ し 、 質 疑 内 容 に 個 人 に 関 す る 情 報 で あ っ て 特 定 の 個人 を 識 別 し 得 る 記 述 が あ る 場 合 及 び 法 人 等 の 財 産 権 等 を 侵害 す る お そ れ の あ る 記 述 が あ る 場 合 に は 、 当 該 箇 所 を 伏 せ又 は 当 該 質 疑 を 公 表 せ ず 、 質 疑 者 の み に 回 答 す る こ と が ある 。

５ ． 入 札 の 日 時 及 び 場 所 等( １ ) 入 札 書 の 受 領 期 限 令 和 ３ 年 １ ２ 月 １ ３ 日 １ １ 時 ０ ０ 分及 び 提 出 場 所 ３ ． ① に 同 じ 。

( ２ ) 開 札 の 日 時 及 び 場 所 令 和 ３ 年 １ ２ 月 １ ３ 日 １ ４ 時 ０ ０ 分長 崎 県 長 崎 市 多 以 良 町 １ ５ ５ １ － ８国 立 研 究 開 発 法 人 水 産 研 究 ・ 教 育 機 構水 産 技 術 研 究 所 小 会 議 室６ ． そ の 他( １ ) 契 約 手 続 き に お い て使 用 す る 言 語 及 び 通 貨 日 本 語 及 び 日 本 国 通 貨 。

( ２ ) 入 札 保 証 金 及 び 契 約 保 証 金 免 除 。

( ３ ) 入 札 の 無 効 本 公 告 に 示 し た 競 争 参 加 資 格 の な い 者 の 提 出 し た 入 札 書及 び 入 札 に 関 す る 条 件 に 違 反 し た 入 札 書 は 無 効 と す る 。

( ４ ) 契 約 書 作 成 の 要 否 要 。

( ５ ) 落 札 者 の 決 定 方 法 予 定 価 格 の 制 限 の 範 囲 内 で 最 低 価 格 を も っ て 有 効 な 入 札を 行 っ た 入 札 者 を 落 札 者 と す る 。

( ６ ) 競 争 参 加 者 は 、 入 札 の 際 に 国 立 研 究 開 発 法 人 水 産 研 究 ・ 教 育 機 構 の 資 格 審 査 結 果 通 知 書写 し 又 は 全 省 庁 統 一 資 格 の 資 格 審 査 結 果 通 知 書 写 し を 提 出 す る こ と 。

( ７ ) 詳 細 は 入 札 説 明 書 に よ る 。

７ ． 契 約 に 係 る 情 報 の 公 表( １ ) 公 表 の 対 象 と な る 契 約 先次 の ① 及 び ② い ず れ に も 該 当 す る 契 約 先① 当 機 構 に お い て 役 員 を 経 験 し た 者 ( 役 員 経 験 者 ) が 再 就 職 し て い る こ と 又 は 課 長 相当 職 以 上 の 職 を 経 験 し た 者 ( 課 長 相 当 職 以 上 経 験 者 ) が 役 員 、 顧 問 等 ※ 注 １ と し て再 就 職 し て い る こ と② 当 機 構 と の 間 の 取 引 高 が 、 総 売 上 高 又 は 事 業 収 入 の ３ 分 の １ 以 上 を 占 め て い る こ と※ 注 ２な お 、 「 当 機 構 」 と は 、 改 称 前 の 独 立 行 政 法 人 水 産 総 合 研 究 セ ン タ ー 及 び 国 立 研 究 開 発法 人 水 産 総 合 研 究 セ ン タ ー 、 統 合 前 の 独 立 行 政 法 人 水 産 大 学 校 を 含 み ま す 。

※ 注 １ 「 役 員 、 顧 問 等 」 に は 、 役 員 、 顧 問 の ほ か 、 相 談 役 そ の 他 い か な る 名 称 を 有 す る者 で あ る か を 問 わ ず 、 経 営 や 業 務 運 営 に つ い て 、 助 言 す る こ と 等 に よ り 影 響 力 を 与え る と 認 め ら れ る 者 を 含 む 。

※ 注 ２ 総 売 上 高 又 は 事 業 収 入 の 額 は 、 当 該 契 約 の 締 結 日 に お け る 直 近 の 財 務 諸 表 に 掲 げら れ た 額 に よ る こ と と し 、 取 引 高 は 当 該 財 務 諸 表 の 対 象 事 業 年 度 に お け る 取 引 の 実績 に よ る 。

( ２ ) 公 表 す る 情 報上 記 ( １ ) に 該 当 す る 契 約 先 に つ い て 、 契 約 ご と に 、 物 品 役 務 等 の 名 称 及 び 数 量 、 契 約締 結 日 、 契 約 先 の 名 称 、 契 約 金 額 等 と 併 せ 、 次 に 掲 げ る 情 報 を 公 表 す る 。

① 当 機 構 の 役 員 経 験 者 及 び 課 長 相 当 職 以 上 経 験 者 ( 当 機 構 Ｏ Ｂ ) の 人 数 、 職 名 及 び 当機 構 に お け る 最 終 職 名② 当 機 構 と の 間 の 取 引 高③ 総 売 上 高 又 は 事 業 収 入 に 占 め る 当 機 構 と の 間 の 取 引 高 の 割 合 が 、 次 の 区 分 の い ず れか に 該 当 す る 旨３ 分 の １ 以 上 ２ 分 の １ 未 満 、 ２ 分 の １ 以 上 ３ 分 の ２ 未 満 又 は ３ 分 の ２ 以 上④ 一 者 応 札 又 は 一 者 応 募 で あ る 場 合 は そ の 旨( ３ ) 当 機 構 に 提 供 し て い た だ く 情 報① 契 約 締 結 日 時 点 で 在 職 し て い る 当 機 構 Ｏ Ｂ に 係 る 情 報 ( 人 数 、 現 在 の 職 名 及 び 当 機構 に お け る 最 終 職 名 等 )② 直 近 の 事 業 年 度 に お け る 総 売 上 高 又 は 事 業 収 入 及 び 当 機 構 と の 間 の 取 引 高( ４ ) 公 表 日契 約 締 結 日 の 翌 日 か ら 起 算 し て 原 則 と し て ７ ２ 日 以 内 ( ４ 月 に 締 結 し た 契 約 に つ い て は原 則 と し て ９ ３ 日 以 内 )- 3 -( ５ ) そ の 他当 機 構 ホ ー ム ペ ー ジ ( 契 約 に 関 す る 情 報 ) に 「 国 立 研 究 開 発 法 人 水 産 研 究 ・ 教 育 機 構 が行 う 契 約 に 係 る 情 報 の 公 表 に つ い て 」 が 掲 載 さ れ て い る の で ご 確 認 い た だ く と と も に 、 所要 の 情 報 の 当 機 構 へ の 提 供 及 び 情 報 の 公 表 に 同 意 の 上 で 、 応 札 若 し く は 応 募 又 は 契 約 の 締結 を 行 っ て い た だ く よ う ご 理 解 と ご 協 力 を お 願 い い た し ま す 。

な お 、 応 札 若 し く は 応 募 又 は 契 約 の 締 結 を も っ て 同 意 さ れ た も の と み な さ せ て い た だ きま す の で 、 ご 了 知 願 い ま す 。

８ ． 公 的 研 究 費 の 不 正 防 止 に か か る 「 誓 約 書 」 の 提 出 に つ い て当 機 構 で は 、 国 よ り 示 さ れ た 「 研 究 機 関 に お け る 公 的 研 究 費 の 管 理 ・ 監 査 の ガ イ ド ラ イ ン( 実 施 基 準 ) 」 ( 平 成 １ ９ 年 ２ 月 １ ５ 日 文 部 科 学 大 臣 決 定 ) に 沿 っ て 、 公 的 研 究 費 の 契 約 等 にお け る 不 正 防 止 の 取 り 組 み を 行 っ て お り 、 取 り 組 み の ひ と つ と し て 、 取 引 先 の 皆 様 に 「 国 立 研究 開 発 法 人 水 産 研 究 ・ 教 育 機 構 と の 契 約 等 に あ た っ て の 注 意 事 項 」 ( U R L ： h t t p : / / w w w . f r a . af f r c . g o . j p / k e i y a k u / p l e d g e _ r e q u e s t / n o t e _ c o n t r a c t . p d f ) を ご 理 解 い た だ き 、 一 定 金 額 以 上の 契 約 に 際 し て 、 当 該 注 意 事 項 を 遵 守 す る 旨 の 「 誓 約 書 」 の 提 出 を お 願 い し て い ま す 。

公 的 研 究 費 の 不 正 防 止 関 係 書 類 ( ① 公 的 研 究 費 の 不 正 防 止 に か か る 「 誓 約 書 」 の 提 出 に つ いて 、 ② 国 立 研 究 開 発 法 人 水 産 研 究 ・ 教 育 機 構 と の 契 約 等 に あ た っ て の 注 意 事 項 、 ③ 誓 約 書 ) は 、入 札 説 明 書 に 添 付 し ま す の で 、 契 約 相 手 方 と な っ た 場 合 は 、 誓 約 書 の 提 出 を お 願 い し ま す 。

な お 、 当 機 構 の 本 部 、 研 究 所 、 開 発 調 査 セ ン タ ー 、 水 産 大 学 校 い ず れ か １ 箇 所 に １ 回 提 出 して い た だ け れ ば 、 当 機 構 内 の 次 回 以 降 の 契 約 で は 再 提 出 す る 必 要 は あ り ま せ ん 。

業務仕様書１.件 名 マダイ肝臓の発現遺伝子解析業務２.業務目的 本業務は、マダイの肝臓における発現遺伝子の網羅的解析(トランスクリプトーム解析)を目的とする。３.検体数 マダイの肝臓小片約 50mg程度ずつ。4 群(AQ1、AQ2、AQ3、AQ4)、各 6 個体で合計 24検体。RNAlaterに2時間浸漬し、その後冷凍したもの。４.納入場所 長崎県長崎市多以良町1551－8国立研究開発法人水産研究・教育機構 水産技術研究所５.履行期限 令和4年3月11日６.業務内容 以下のとおり行うこと。① 試料等の確認請負業者は試料受領後、速やかに検体の数と状態等について確認を行い、担当職員へ受領した旨を連絡する。検体数の不一致や輸送中の事故があった場合は、取扱いについて担当職員と協議する。なお、検体は契約後すみやかに引き渡す(引き渡しにかかる送料は当所負担とする)。② QIAGEN社のRNeasy等を使用して、個体ごとにトータルRNAを抽出し、品質確認を行うこと。③ オリゴdTでmRNAを精製、ランダムプライマーでcDNA合成し、シーケンスライブラリーを作成。④ シーケンシング解析DNBSEQ-G400等を使用し、100bp以上ペアエンドの解析とし、各個体につき最低2000万リード行うこと。⑤ データ解析マダイのゲノム情報は、韓国の研究グループから公開されているものを使用すること(https://figshare.com/articles/dataset/First_Draft_genome_for_Pagrus_major/6962867、アノテーション情報を含む、https://doi.org/10.3389/fgene.2018.00643)。ゲノム配列：Pagrusmajor_Genome.faアノテーション情報：Pagrusmajor_gene.gff3論文：https://doi.org/10.3389/fgene.2018.00643)。解析は、hisat2 もしくはSTAR等のソフトウェアを用いて上記のゲノム配列にマッピングし、その後、StringTie等を用いてカウントを行った後、TPM正規化法によりTPM値を個体ごとに算出すること。また、各transcript(上限20万配列)についてBLAST解析を行ってアノテーションを付加すること。群間発現比較解析は多重比較もしくは二群間比較で4群総当たり 6パターンとし、以下とすること。1) iDEGES正規化(Sun et al., BMC Bioinformatics, 2013)もしくはFPKM正規化(Mortazavi et al. 2008)後、edgeR/DESeq等を用いて発現変動遺伝子を検出し、示すこと。2) 群間で主成分分析(PCA)を実施し、遺伝子発現プロファイルの類似性を座標分布で図表化すること。3) 遺伝子発現プロファイルの群間での類似性を階層クラスタリングで示すこと。4) 遺伝子発現プロファイルの群間での類似性を相関図(散布図行列、ピアソンの相関図と p値を含む)で示すこと。5) 群間での発現比較は、false discover rateによる多重比較((Benjamini, Y. andHochberg, Y. (1995) J. R. Statist. Soc. ser.B, 57(1), 289-300.)もしくはDESeq2 Rpackage 等で負の二項分布モデルを使用して二群間比較(Anders et al., 2010)とし、解析の結果、発現量が上昇または低下した遺伝子の集合関係をベン図で示すこと。6) 群間での発現比較解析結果の発現比と p値で作図し、volcano plotで示すこと。7) 発現変動解析の結果から同定された遺伝子が、どのような代謝系に関わっているのかをヒトのKEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes、最新版)を利用したパスウェイ解析を行って可視化させること。8) 全遺伝子のGO termと発現比較解析の結果から同定された発現変動遺伝子のGOtermについて、出現頻度の比較とFisher検定による有意差検定を行い、発現変動遺伝子の特徴的なGO termを推定すること。⑥ 成果品提出以下４点のデータについて取り纏めた報告書を、DVD等の記録媒体に保存して納品すること。・シーケンス生データ(fastq形式)・マッピングとカウント結果(エクセルファイル)・参照配列(fasta形式)と遺伝子アノテーション(gff形式)・DDBJのデータベース登録に必要なフォーマットでのデータ７．その他① 業務に必要な消耗品等は請負業者にて準備すること。② 成果品提出の際は必ずファイルのウィルスチェックを行うこと。③ 成果品について当所におけるチェック結果によっては該当の全サンプルの再検を求めることがある。また仕様書に反する成果品が提出された場合や当所でのクロスチェック結果と大きく異なる場合においても全サンプルの再検を求めることがある。④ 詳細については担当職員の指示に従うこと。特に作業中に疑義が生じた場合は、必ず担当職員と打ち合わせを行い、合意を得たうえで作業を進めること。⑤ 本業務で知り得た情報について、取扱責任者を置き、社内で適切に管理を行うこと。⑥ 業務で知り得た情報を第三者への開示をしないこと。